人粪尿沤好后，应用水稀释施用。浓度大小视作物、气候、土壤等条件而定。砂质土吸着力弱，易流失，粘质土吸着力强，易保住在施用人粪时，砂质土宜分多次适量施用；粘质土则相反，次数宜少，数量适当增加；施用于水田须先排水，用肥浓度可稍高一些。施用人粪还需要考虑作物的生长期，在幼苗期需要养料比较少，浓度宜较稀，可用粪液1～2份，加水8～9份；生长中期，粪液与水的比例为1：3；开花或生长旺盛时期，粪液与水的比例为1：1。若用浓厚的人粪尿作基肥，要随施随盖土，以免铵态氮挥发。如作种用肥，宜在施肥后覆盖一层薄泥土，再播种子较为妥当。若施于水田，应随即耕翻，待1～2天后，再灌水入田，施后一星期内不宜排水，以防流失。腐熟人粪尿可作基肥和追肥，随水灌施或对水3～5倍泼施。人尿可用来浸种，浸种后的种子出苗早，苗健壮。浸种浓度一般为5%鲜人尿溶液。由于人粪尿含磷、钾较少，施用时须配合磷、钾肥施用。据试验，用5%的鲜人尿作果树根外追肥，可提高结果率。
     1、人畜粪尿等农家肥不能与草木灰、石灰、钙镁磷肥等碱性肥料混用。因为人畜粪尿中的主要成分是氮，若与强碱性肥料混用，则会因中和而失效。
　　2、过磷酸钙不能与草木灰、石灰等碱性肥料混用，否则会降低磷的有效性。磷矿粉、骨粉等难溶性磷肥，不能与草木灰、石灰等碱性肥料混用，否则会中和土壤中的有机酸类物质，使难溶性磷肥更难溶解，作物无法吸收利用。
　　3、未腐熟的农家肥不能与硝酸铵混施。因为未腐熟的农家肥，要经过分解腐烂后才能被作物吸收利用。若与硝酸铵混施，未腐熟的农家肥在分解腐烂过程中氮素会受损失，所以不能同施，否则二者氮素都会受损，降低肥效。
　　4、化学肥料不能与细菌性肥料混用。因为化学肥料有较强的腐蚀性、挥发性和吸水性，若与根瘤菌等细菌性肥料混合施用，会杀伤或抑制活菌体，使细菌性肥料失效。